Das heutige Gut Mariaburghausen mit seiner gotischen Kirche hat eine reiche Geschichte hinter sich.Schon im Jahre 770 n. Chr. war Mariaburghausen fuldaischer Besitz. Damals wurde es Mariaburghusa genannt, was soviel wie "Haus und Gut der Marcburg" bedeutet. In Schriftstücken aus der Zeit zwischen 1550 und 1590 liest man oft den Namen "Walberhausen". Im Volksmund hat sich dieser Name "Walberhausen" noch bis auf den heutigen Tag erhalten. Offiziell trat um 1600 der Name Mariaburghausen auf.

Mariaburghausen war eine Filiation der Zisterzienserinnenabtei von Heiligenthal. Das Kloster wurde 1237 ebenfalls durch die Stifterin und erste Äbtissin von Heiligenthal, die sel. Jutta, gegründet. Es befand sich zunächst in Kreuzthal, zwischen Schweinfurt und Hofheim gelegen. Daher rührt auch der ursprüngliche Name „Vallis S. Crucis“. Die Abgeschiedenheit und das allzu raue Klima bewogen die Äbtissin Lukardis jedoch bereits im Jahr 1243 zum Umzug nach Marburghausen am Main gegenüber von Haßfurt.

Im Jahre 1243 wurde hier ein Nonnenkloster gegründet. 1270 baute die Äbtissin Kunigundis I. mit bischöflicher Erlaubnis die erste Kirche, die dem hl. Johannes dem Täufer geweiht war. Nachdem eine Feuersbrunst diese Kirche 1287 zum größten Teil zerstört hatte, wurde in den Jahren 1287 - 1336 das jetzige 50 m lange Gotteshaus errichtet. Die Nonnen stammten durchwegs aus Adels- und Patrizierfamilen. Durch Kauf und Schenkungen gehörte dem Nonnenkloster bald der ganze Ort Marpurghausen, dazu Besitzungen in der Umgebung.

Gegen Ende des Mittelalters hatte sich die klösterliche Disziplin gelockert. Für die Jahre 1492 und 1498 ist von scharfen bischöflichen Visitationen die Rede. 1507 musste die Äbtissin Barbara von Lamprecht nach Heiligenthal versetzt werden, um einen Streit im Konvent zu besänftigen. Der Bauernkrieg 1525 und die Folgen der Reformation verschlechterten die Lage in Marburghausen weiter. 1543 war Äbtissin Ursula von Rotenstein zugleich die einzige noch im Kloster verbliebene Nonne; mit ihrem Tod im Jahr 1582 endet auch die Geschichte der Zisterzienserinnen in Marburghausen.

Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn (reg. 1575–1617) hob das erloschene Kloster mit päpstlicher Genehmigung auf. Dessen Einkünfte aus dem Lehenhof in Kreuzthal, dem Ökonomiegut in Mariaburghausen, den dortigen Waldungen und der damit verbundenen Jagdpacht, der Klosterschäferei sowie Gefällen aus rund 30 Orten der Umgebung zog Julius Echter zugunsten der von ihm in Würzburg gegründeten Universität ein. Das Klostergebäude wurde in eine Ökonomieverwaltung umgewandeltBis heute bezieht die Universität Würzburg Einnahmen aus den Liegenschaften von Mariaburghausen.

Im Mittelpunkt des alten Gehöftes steht die markante ehemalige Klosterkirche. Das Gotteshaus ist größtenteils im alten Stande erhalten und stellt sich als hochaufragender, langgestreckter, gotischer Bau aus dem 13. Jahrhundert dar. Der Dachreiter ist eine Erneuerung aus der Barockzeit.

Man betritt das Gotteshaus durch eine dreischiffige Gruft. Achteckige Pfeiler tragen das Kreuzrippengewölbe. Im roten Backsteinboden entdeckt man Grabplatten. Andere sind auch an den Wänden aufgestellt. Dem gegliederten Gruftraum folgt das 25 m lange und 10 m breite Kirchenschiff. Der barocke Hochaltar und die Kanzel stammen aus der Zeit um 1700. Das Altarbild zeigt die Himmelfahrt Mariens. Zur Linken steht die Holzplastik des Kirchenpatrons Johannes des Täufers und zur Rechten steht Johannes des Evangelist. Oben ist der Altar geschmückt mit zwei Wappen der Fürstbischöfe Julius Echter von Mespelbrunn (1579 - 1612) und Johann Philipp von Greifenklau (1699-1719).

In einer Nische über dem Seitenaltar links steht eine holzgeschnitzte Statue der Muttergottes mit dem Kind. Die Madonna ist spätgotisch. Sie stammt etwa aus der Zeit um 1480.
Daneben findet man ein sehr gutes Sandsteinrelief, den Grabstein für den 1345 verstorbenen Ritter Heinrich von Seinsheim, Vater einer Nonne. Der Konvent erhielt große Schenkungen von ihm.

An der Westwand entlang zieht sich die Ballustrade des Nonnenchores, der bis zum Gewölbe hinauf bereits seit drei Jahrhunderten zugemauert ist. Sie wird von einer dreischiffigen Wölbung getragen, unter der sich an einer Rippe der Baumeister, dessen Namen man nicht kennt, in einem Selbstbildnis verewigt hat. Vom Nonnenchor aus war das Konventhaus erreichbar. Das schmale Gewölbe unterhalb des einstigen Nonnenchores zeigt helle Sterne auf grauem Grund. So war einst der ganze Kirchenraum ausgemalt.

Außerhalb des Gutes, an der Westmauer, ist neben einem Strebepfeiler ein interessantes Steindenkmal eingelassen, der obere Teil eines spätgotischen Bildstockes. Es zeigt das Wappen einer Äbtissin aus dem Geschlecht der Thüngfeld-Lisberg: Abtsstab und Pferdebremse.